北京城被大顺军围困之后，与外面音信隔绝，留都南京接到的最后一封塘报是崇祯帝下令勤王，此后再也没有了后续具体指示。留都这边以南京兵部尚书史可法为首，向民间富绅商户募集银两，作为勤王大军开拔费用。当时，只知道北京形势危急，按估计，怎么也能坚持两三个月。但是万万没有料到，作为首都的北京破城如此之快。他们原定四月初七祭旗出兵，此刻，北京失陷的消息传来，顿时，南京陷入一片恐慌之中。留守的六部大臣六神无主，坐困愁城，等待进一步消息。
进入四月下旬，崇祯自缢及三位皇子失落于乱军之中的消息传到了中都，几天后才传到南京。
眼下，拥立一位朱姓近亲藩王，延续明祚成了最紧迫的问题。
此刻，滞留在中都的藩王有福王朱由崧，潞王朱常淓，鲁王朱以海，还有以待罪之身囚禁于此的原唐王朱聿键等人。
对于拥立哪位藩王为帝，南京的文武群臣立即分成了两大阵营。
本来，按照皇室亲疏关系及辈份来看，福王朱由崧与先帝朱由检是堂兄弟，宗族关系最近。按照明代“兄终弟及”的传统，堂兄弟之间可以优先考虑。所以，福王福王朱由崧是热门人选之一。
另一位热门人选是潞王朱常淓，其是先帝崇祯朱由检叔叔辈的人，比福王远了一支。
切莫说拥立新君，即便是立太子也是国家大事。
在中国历代皇朝礼制中，立皇后所生嫡长子为太子，皇后无所出时，立年长者为太子，明朝依然承袭这套礼制。但是，万历在位期间，曾经发生过史上有名的“国本之争”与“梃击案”。
万历帝的王皇后无出，万历帝与一个王姓宫女有染，生下了皇长子朱常洛，其母以子封妃。最受万历帝宠爱的郑贵妃生下的皇三子朱常洵最得万历帝喜爱，获封福王，万历希望立福王为太子。此决定遭到了绝大多数朝臣的反对。皇太后和王皇后也支持立皇长子朱常洛为太子。万历帝不断处分罢免一些支持皇长子的大臣，以期改变态势。
此刻，操朝野舆论牛耳的东林党也支持皇长子为太子，使声势更加浩大。拖到了万历二十九年，皇长子已经二十岁，万历在拖无可拖的情况下，终于册立朱常洛为太子。此事，史称“国本之争”，其演变成了皇帝与大臣之间的势力之争。但是，万历和郑贵妃迟迟不打发福王就藩，一直在京，威胁到太子的地位安全。
万历四十三年五月端午的前一天傍晚，有一个名叫张差的男子手持木棍闯入太子住所，击伤守门太监，欲刺杀太子。幸亏内侍韩本用赶到，擒获该男子。
经刑部专家多次审问，据张差交代，其经中间人斡旋，受雇于一个老太监。老太监让其冲进太子所在的慈庆宫，见人就打，尤其是一个穿黄袍的（太子朱常洛），打死他重重有赏，如被人捉住，我们自会救你，还给其画了出入宫的路径。
逮捕了中间人，供出指使者是郑贵妃手下太监庞保、刘成。
一时间群情哗然，纷纷猜测是郑贵妃谋害太子，扶立福王。
万历帝见牵涉到郑贵妃，不愿意深究。最后将张差击毙，秘密处死了郑贵妃手下太监庞保、刘成，福王被迫就藩。一场惊天大案，糊涂了断。
东林党是国本之争的积极参与者，鉴于郑贵妃是福王的亲奶奶，生怕福王朱由崧登基后翻陈年旧案。因此罔顾福王是万历帝亲孙子的事实，提出福王有“七不立”理由，主张“立贤”立万历帝侄子朱常淓。
此时，执掌南京权柄的是南京兵部尚书史可法，其恩师兼挚友左光斗是东林党领袖之一。东林党的选择，使其陷入了两难之中。他既不想得罪东林党，也不想与拥立福王者为敌，想走一条两不得罪的中间路线，遣使去迎接远在广西的桂王朱由榔。理由是桂王朱由榔与福王朱由崧一样，都是明神宗之孙。并且，其比崇祯帝小十多岁，是“兄终弟及”的最合适人选，比福王弟终兄及更合适。
鉴于自己名义上是兵部尚书，实际上手中并无兵权。为了压制住纷乱局势，他想到了手握江北四镇兵权的凤阳总督马士英，便约其来浦口见面，共商大事。
此刻的马士英正是看准了朝中群龙无首，执权柄者史可法手中无兵遇事优柔寡断的弱点，仗着手中有兵，正待价而沽。见史可法折节下交，便欣然前往。两人见面后，史可法便将朝臣意见相左，极难调和的情势讲了出来。最后，提出了自己的折中方案，迎接桂王。
马士英有些踌躇，说千里迢迢远赴桂林，来往极其耗费时日，何妨在中都诸王中选择一人，省得长途跋涉，恐怕日久生变。