根据学生领袖张国焘的回忆，学生队伍准备向天安门出发时，蔡元培校长曾出来劝阻。
他还谈到，一位叫易克嶷的同学当场向蔡校长痛陈学生的内心积愤，恳求校长不要阻拦大家。其他的多数同学颇感不耐烦，发出了“嘘！嘘”的吵嚷和怒骂声。
看看时间已到，张国焘忙挤向前去，高声向校长说：“示威游行势在必行，校长事先本不知道，现在不必再管了，请校长回办公室去吧。”
于是他和其他几位同学连请带推地将蔡校长拥走。
这和其他人的回忆有些不符。
据罗家伦在《蔡元培时代的北京大学与五四运动》一文中回忆，“五月三日那一天，清华大学举行纪念典礼，许多北大的人，都到清华去参观，那天我也去了。直到晚上八九点钟才回来，不料三号那一天，邵飘萍到北大来报告，说是山东问题已经失败，在校的一班同学，于是在北河沿法科第三院召集临时会议，最初由邵飘萍报告，以后由许德珩等一班人慷慨激昂的演说，还有一个刘仁静，当时还不过十八岁，带了一把小刀，要在大会场上自杀。还有一位，要断指写血书的，于是当场主持的几个人，不能维持我们以前决定的五七发难的成议，当场议决在第二天即五月四日联合各学校发动，并且当场在北大学生中推出二十个委员负责召集，我也是其中一个，由他们各学校联络进行。”
关于蔡元培，罗家伦给出的评价是：“这一次蔡孑民先生确是有一种特别的表现，就是五四事情出来以后，他不和前次一样的辞职，反而联合各大学的校长，负责的要求北京政府释放被捕的学生。”
罗家伦所说的“前次”，指的是1918年5月21日，北京大学、高等师范、工业、法政四校的学生，以及回到国内的留日学生4000多人，赴新华门向代理大总统冯国璋请愿，要求政府废除中日两国的《防敌军事协定》。蔡元培闻讯后一大早来到学校加以劝阻，劝阻无效后向当时的大总统冯国璋提出辞呈，经多方挽留才答应留任。
许德珩在《五四运动在北京》一文中，提供的说法大致相同：“北大校长蔡元培先生是负行政责任的人，他同情学生，而又不愿意闹得过火，……”
而根据蔡元培自己的说法，他应该也没有阻拦学生上街。
蔡元培晚年在回顾五四运动的历史时，总结自己对学生运动的看法：“五四运动发生的时候，我对于学生运动素有一种成见，以为学生在学校里面，应以求学为最大目的，不应有何等政治组织。其有年在二十岁以上，对于政治有特殊兴趣者，可以个人资格，参加政治团体，不必牵涉学校。”他从1918年夏北京学生运动谈到1919年五四运动的过程，“民国七年夏间，北京各校学生曾为外交问题，结队游行，向总统府请愿；当北大学生出发时，我曾力阻他们，而他们一定要参与，我因此引咎辞职，经慰留而罢。到八年五月四日，学生又有不签字于巴黎和约与罢免亲日派曹、陆、章的主张，仍以结队游行为表示，我也就不去阻止他们了”。
张国涛说得那么具体，好像不应该有错，当然，回忆还是有可能有误的，比如把五月四日那次记成“罗家伦所说的“前次”。
但是，肯定地说，蔡元培打心底对这次活动是支持的。就算张国涛说的是真的，也不过是做做姿态而已，他毕竟是体制中人，毕竟是一校之长。
3日晚上北大学生召开大会时，蔡元培在校，他对大会的决定应该知情。
大会结束后，蔡元培“即召学生会干事狄福鼎等，嘱其转告同学，途中须严守秩序”。当时他“向狄表示，他对学生们很同情”。
5月4日上午11时左右，就在北大学生即将出发之际，教育部派员随同几个军警官员到场，意欲劝阻学生的行动。如果蔡元培出来做做样子，做为校长，不是再正常不过了吗？
因为有部员和军警到场劝阻这个小插曲，事实上北大学生是最后到达天安门广场的。
蔡元培也是个有血性的人，如果不是有碍于校长这个身份，如果不是责任所在，他肯定会走在游行的队伍里的。
因为，就在北大学生出发后不久，蔡元培接到教育总长傅增湘奉命打来的电话，“责令蔡校长召回学生，不准游行及干预政治”，并请他到部商讨对策。
蔡元培的态度很明朗，回曰：“学生爱国运动，我不忍制止。”
人也没有去教育部，4日那天，“蔡先生一日未离校，亦未进食”。