“二十一条”的签订，后果是极其严重的。袁世凯和他的幕僚们，对其虽然已经有所认识，但对后果的估计仍是远不够的。
满清政府为什么被视作无能政府？很重要的一点就是签订了那些如同“马关”、“辛丑”等丧权辱国的条约。你民国取代了清廷，丧权辱国的条约照签订不误，人们怎么能不对这个民国，对袁世凯和袁政府失望呢？
事实上，“二十一条”的签订不但使袁世凯和袁政府的威望大减，而且为后来的历史埋下祸根。几年后的一九一九年爆发的，震惊中外的“五四运动，其导火索也正是这个“二十一条”。
签订了“二十一条”，日本的那些狂热的民粹主义和军国主义者自以为得志，自以为占到了大便宜，其实正是他们坑害了日本和日本人民。往远了说，“二十一条”的签订，使日本在国际上声名狼藉，引发这些人的野心进一步膨胀，发动侵略战争，最终的结果是使日本的国家和人民遭受深重的苦难。而就是在当时，也让日本在中国侨民的日子很不好过。
“二十一条”的签订后不久，袁世凯曾对其秘书曾叔度言道“购地、租地，我叫他一寸地都买不到手。杂居，我叫他一走出附属地，即遇危险。至于警察、顾问用日本人，用虽用他，月间给他几个钱便了，顾不顾，问不问，权却在我。我看用行政手段，可以破坏条约，用法律手段破坏不了。又其他各条，我都有破坏之法”。
此举效果如何，曾任袁世凯秘书的曾叔度在忆及此事时引日本人言“我等被囚禁于附属地界内，一步不敢出附属地”。“我等名为顾问，其实绝无人顾，绝无人问。”
“二十一条”的签订，加之日本对中国的侵略战争，对两个民族感情造成的伤痕，可以说至今还不能痊愈，这难道不是这些军国主义者给他们的后代造的孽吗？
如果说日本是凭实力，迫使袁签订了“二十一条”，而袁世凯能取得全国的政权，爬上大总统的宝座，不同样是凭借实力吗？
要是论个人的威信和魅力、论人品，这个大总统能轮上他当吗？不说别的，就他在戊戌维新中出卖光绪帝那件事，什么时候被提起，都会被臭出几里地。
毫无疑问，是北洋军把袁世凯抬上大总统的宝座。
北洋系的基础，建立在小站练兵时期，袁世凯手下的这些得力干将也大多来源于小站练兵。谈到袁世凯的北洋军干将，首先当属“北洋三杰”。
这时，“北洋三杰”的情况是冯国璋外调南京，主持长江一带的军事；段祺瑞在中央统理全事；王士珍已退隐正定。
谈到“北洋三杰”，排在首位的当然是段祺瑞。
而此时段祺瑞正以陆军总长身份，不但对北洋军系独揽大权，即对于全事亦有统筹之权。北洋军的新生力量，多数是由他所培养和提拔，这一块越来越成为袁世凯的心病。
段祺瑞与袁世凯的其他将领不同，最大的不同是这个人有自己独立的思想，有自己的原则。不像段芝贵等人，什么都听袁世凯的，总是看袁世凯的脸色行事。
论能力，袁世凯的手下无人可与段祺瑞相比。要是真有需要，把他派过去也真的顶用。但能力强，有独立思想的人也有他们的局限，就是不那么听话。比如这段祺瑞，有时候就没有段芝贵好用。
最让袁世凯受不了的是，段祺瑞似乎对共和情有独钟，三句话不过就能冒出一句“维护共和”。更可气的是这话袁世凯听着刺耳，却又找不出毛病。
不光是袁世凯对段祺瑞有诸多不满，段祺瑞那边，对袁世凯也大不如前了。
北洋系里相传有这么一段故事
袁世凯称帝以前，小站旧人早已恢复了跪拜礼，唯独段祺瑞不肯。已经是民国了还要曲膝，他身体力行旗帜鲜明地表示反对。
袁世凯对此虽然嘴上没说过什么，心里显然是不高兴的。对此，同是袁世凯左膀右臂的冯国璋看在眼里，急在心里。