俗话说，打仗打的是后勤，古往今来都是一理，任何战争都离不开后勤保障，人、马、弹、药所需都需要一个系统的庞大的供应链条，这其中，装备、干粮、运输、存储、护卫都是非常重要的。曾国藩、左宗棠、李鸿章等人所练营勇，则将此付诸实施：发给官兵丰厚的军饷，并设有专门设置搬运粮草等物资的长夫，湘军规定每营500人编长夫180名。湘军虽然是地方武装，战斗力却比清廷的正规军要高，究其原因，湘军不同于其他清军有自己独特的后勤制度，起到了重要的作用。军创立不久的1854年，其领导层设置名叫粮台的机构，专门统一办理粮饷事务。湘军实行兵、饷合一，粮台体现了这一特点。粮台设总理事物一人，完全听命于最高统帅，组织机构下设八所，各所委派负责人，分别是：内、外银钱所、文案所、火器所、军械所、采编所、发审所、侦探所，八所组成的粮台主要任务是筹集军械、粮饷等物资，再经水陆源源不断运往前线。粮台还根据具体实际情况进行调整，又细分为转运局、前敌、后路粮台，使其职责更加分明，提高了效率，保障了湘军后勤供给。鉴于绿营兵丁粮饷薄，每月只有一到二两饷银，此外，还供应有些谷物。这样生活艰难的绿营兵丁只好依赖做点小买卖、手艺等赚些钱贴补，致使绿营军规和训练废弛，打仗往往溃不成军。湘军吸取绿营教训，制定了厚饷待遇，使湘勇饷银从优。当时一名湘军正勇，每月饷银在四两五左右，长夫三两，这些钱不仅能养活勇丁全家，还对湖南一些贫苦百姓很有吸引力，所以湘军几次扩军，都能足额应募。湘军的粮饷一般由各省协饷供应，因为要尽快平息战乱，湘军到哪里与太平军作战，本省就要提供粮饷。湘军为了维持军队人员稳定，实行发半饷制度，每月正常发五成饷，其余存入公所，一般是半年为限，形成风气后，勇丁都习以为常。存入的饷银在勇丁放假或者遣散回家时，就可以核算后支取一部分饷银做盘缠，其余的由粮台发给银票，至湖南后路粮台处付清。若勇丁开小差或者严重违反军纪，存银就被没收充公。这个发半饷的办法，即缓解了筹措饷银的困难，又能防止勇丁跑，还可以维系军纪。
太平军在后勤方面缺陷不少，关键是没有建立完善的粮台制度，更没有下力气组织境内的生产，洪、杨太平军只能采取就地征粮，运输上没有专门的辎重部队，只能从战兵中抽调人员临时组成征粮队，又用了大量乡官征粮，各地征集名目繁多且随心所欲，太平军首领有时又绕开乡官环节，直接依靠军事暴力完成征集，百姓过得比清政府统治时还苦。而且各军事首领只管自己的地盘征粮，没有统一的后勤调度，不能互相接济，水军又弱于湘军，因此常常处于缺粮状态，这些都是太平天国运动失败的重要原因。
捻军实行“打粮”，实际就是抢粮，无法维持大部队长期持续供应，处于饥一顿饱一顿的状态，其负面影响不言而喻。
魏宣武的天道教太平军实行了统一税制，在乡村建立了基层政权，借鉴贵州号军的且耕且战经济制度，实行了土地分配，建立了乡兵村丁制度和军事屯垦制度，很好的解决了粮食来源问题，大力引进各类人才，大力学习发展各项科学技术，又使百姓生活水平大幅度提高，军工实力进一步加强。
魏宣武沿用了太平天国的圣库制度，也实行了各省府县的屯仓制度，锐王府总管管理各处钱粮调度，是实际上的总粮台，可以很方便的把粮食调度到军中，为了调粮如军，锐王府直辖十个辎重旅，五个水军辎重营，这些辎重部队只需把粮饷运到与部队最高一级军需长及辎重部队交接，军中各级都有的辎重部队，就会层层分拨领用运输到最基层，也不会占用战兵的力量。
为最大限度发挥士兵的战斗力，魏宣武于1863年9月对野战部队的组织和装备进行了重新调整，以便最好地协调各部后勤保障，让士兵在各兵种最优的组合下，在后勤强有力保障下，依靠最充足的物资，使用最好的装备、专注于作战。
魏宣武的太平军，基础编制是队，队教改称行教，丁教改称引教，出征行军时，队里都设得有伙夫协，专门负责给部队做饭，一般伙夫占官兵十二分之一左右，在战场上就能给官兵吃上热饭菜，伙夫协都有自己的畜力，一个伙夫协有三头驮驴二头骡子，驮着炊事用品和干柴、草料、米、面粉、盐、干肉等，伙夫不带武器，随身只带一把二斤短刀防身，配有扁担、箩筐、背篓、竹篮；官兵除探子之外，一律留短发，每人随身一个干粮袋，装五斤烧饼或炒面或糕点等、二斤肉干，一个三斤水袋，一支十斤带瞄准具的三代宣武枪，一支三斤的枪刺，一支二斤短刀，一把二斤重铁锹，一个装50发定装金属步枪弹共三斤重的子弹袋，一床五斤重的军用棉被、一条三斤重军用毛毯，一套二到五斤换洗衣裤，一双约半斤重的棉鞋、备用草鞋和袜，一个二两小盐袋，一个小土碗，一双木筷，加上穿在身上的衣裤衫帽鞋袜，单兵负重大约在四十五斤左右；探子配短枪、短刀，文书带纸张笔墨印章，医务兵带药箱，文书和医务兵配短刀；有三个辎重兵，每人一匹驮马，驮着弹药、帐篷、地图、医药、文册、银钱、少量清兵制式刀及衣帽服饰等，辎重兵配短枪、短刀，全队共103支三代宣武步枪，枪刺103支，短枪5支、短刀120把，3匹驮马，3头驮驴，2头骡子，可携带10天食物、水（水可随时就地补充）、草料等，天宝银元1000个，黄金20两，白银100两，金属定装枪弹发。
三队为一营。营有一个直属炮丁，配常规三代六磅宣武野战炮三门，炮车三台，挽马九匹，驮马十二匹，挽具采用了轻质钢制品，辎重兵十人，每人一辆双马车，三辆运送弹药、帐篷、地图、医药、文册、银钱等，三辆车运送炮弹，一辆车运送粮食、肉干，一辆车运送大量装满水的三斤水袋，二辆车运送草料。营属伙夫配二驴一骡，营官、布教、副营官、司马、炮兵均配短枪、短刀，全营共324支三代宣武步枪，枪刺324支，短枪66支，短刀432把，三代六磅宣武野战炮3门，炮车三台，挽炮马9匹，驮马21匹，20匹挽马拉的双马车10辆，驮驴11头，骡子7头，可携带20天的食物、水（水可随时就地补充）、草料等，天宝银元5000个，黄金80两，白银500两，金属定装枪弹发，6磅开花弹300发。