严树森趁太平军巴州组建地方部队，人员混杂，一时防守松懈之机从太平军中逃出，刚好庆廉请辞河南巡抚，清廷肃顺保举严树森代理河南巡抚将功赎罪。1861年4月，严树森亲身体会了太平军的厉害，深知形势的严重，上任后，他一面命人去两湖招募数千新勇由河南团练大臣毛昶熙统带，命河南按察使郑元善督同承惠战死后留下的豫军主力张曜部，就地招兵补械，屯于凤阳府，准备集中全力收复毫州。
1861年，咸丰十一年七月十七日（1861年8月22日），咸丰帝奕詝病死于避暑山庄烟波致爽殿，年仅31岁，皇太子载淳继位为同治皇帝，年仅6岁，咸丰皇帝指派御前大臣载垣、肃顺等为顾命八大臣。1861年11月，慈禧太后不甘心被排斥在权力之外，联合恭亲王奕欣发动宫廷政变，肃顺等人被杀，从此，慈禧、慈安两太后开始垂帘听政。实际上，慈禧掌握清政府的最高权力，历时四十七年之久，史称：“辛酉政变”，泱泱大清帝国实权从此落入妇人慈禧之手。而从外国侵略者的角度看，这次政变他们也十分满意，因为肃顺等人是极为强硬的保守派，主张不与欧洲人进行任何往来，而恭亲王集团则被打清醒了，主张对外和好，第二次鸦片战争后，事实上洋人势力对于中国政局已经有了相当敏感的影响，所以对于此次政变，他们没有任何异议。通过“北京政变”，中外反革命势力开始结合起来了，1861年7月，清朝统治者决定向英、法等国“借师助剿”，在华洋杂处、经贸发达的上海正式组建“中外会防局”，宣布由英法等外国军队协助李鸿章淮军防守上海，公开勾结外国侵略势力来镇压太平天国革命。《北京条约》签订后，外国侵略者得到了比第一次鸦片战争还多得多的特权，他们对奕?在订约过程中“有求必应”的奴才相十分赞赏，不断地加以扶植，为了保住已经取得的特权利益，英、法、美、俄等国一致同意愿意出兵帮助清朝镇压太平天国运动。1862年5月，在送回第二批500名留洋学生并带一批先进技术资料抵达开封后回到上海，亨利也受到了英国政府的警告，并遣送回国限制其离开英国，这段时间，亨利只能呆在英国继续发展天道教徒。
在辛酉政变之后，胜保得到了慈禧太后的信任，奉命以钦差大臣的身份赴山东、安徽、河南“剿捻”。在1862年8月率部入陕，督办陕西军务，驻军甘肃兰州府，准备夺回陕西。
1861年8月，陈玉成、杨辅清调集重兵向曾国荃“吉字营”防线发起最后一次冲击，太平军英勇拼杀，一度抵达湘军营盘，可依然无法突破防线。9月，叛将程学启献上“穴地攻城”战术，轰破北门十余丈，而后亲率敢死队从炮眼杀入，向曾经战友举起屠刀，安庆就此陷落，包括守将叶芸来在内的余将士全部遇难。至此，天京西面门户洞开，再也无险可守，太平天国灭亡进入倒计时。没能保住安庆，陈玉成无奈之下撤出集贤关，湘军则趁机毁掉关内营垒，完全控制安庆内外各战略要地。
咸丰十一年（1861年）八月，在江西招兵买马的忠王李秀成和童容海、汪海洋等率领的回朝大军（抛弃石达开回天京）会师了。瞬间李秀成实力猛增，麾下有了20多万人马。月底，李秀成决定趁势攻入浙江。于是李秀成、童容海、汪海洋、朱衣点、黄添理等统帅20多万太平军，分为左中右三路自江西广丰、玉山开拔，浩浩荡荡直奔浙江西部重镇衢州。衢州守军金衢严道江允康、知府吴艾生、总兵李定太、崇志等仓促应战，断通和浮桥，闭城固守。衢州城坚固高立，壕沟深陷，护城河环绕，太平军的枪炮箭镞很难击到城墙上的清军。加之，清军发动了衢州城内的男女老少来协助守城，一时间衢州难以攻破。两天后李秀成增兵数万，把城下的壕沟和护城河用泥土填平，再发动了一次最猛烈的进攻，和清军血战了一天一夜，可惜还是没能攻克。1861年9月下旬，李秀成吸取3年前石达开围攻衢州91天未下的教训，趁早撤兵了转攻杭州，12月，李秀成攻克杭州。至此，浙江的杭州、嘉兴、湖州为李秀成军，金华、严州、宁波、绍兴、台州、温州为李世贤军，太平军占据了浙江绝大部分地区。只剩了温州一小块和衢州还在清军手中。1861年夏，李自成集结重兵攻打上海，欲占据这块财货堆积如山、富得流油的商贸宝地，由于西洋列强公然干预，器械精良的外军配合淮军作战，在其绝对的火力压制下，太平军的人海战术难以奏效，死伤颇重，李秀成被迫撤军，首次攻打上海失利。
1861年秋，太平天国战略要地安庆失守，捻军失去依托，难以立足，张乐行乃于是年12月率捻军从定远撤退，北归颍上。陈大喜、张凤林想从豫东招兵入山东，魏宣武同意，但规定不能强征，结果，陈大喜、张凤林仅从豫东带走死党千余人，到山东与张宗禹部汇合与由直隶南下的僧格林沁部周旋，于1861年春先后在巨野羊山集、菏泽李家庄、汶上杨柳集三败僧格林沁。投陈玉成的捻军首领孙葵心在挂车河之战手臂负伤后于庐州养伤运粮时，遭到了地主武装团练的偷袭，被一个名不见经传的团练小兵用矛刺穿心脏。“圩寨战术”发明者刘玉渊从河南购粮后在山东巨野东南30公里之羊山集，大败僧格林沁后还守雉河集。
咸丰十一年(1861年)十月,李、蓝在牛佛渡会师,队伍已发展到30万人。李永和以铁山为根据地,由蓝二顺率部北上,围攻绵州、成都,曹灿章率部挺进川东,围攻重庆。时“川中州县，半沦匪区”队伍进一步发展到六十万。1861年9月，石达开自桂南北上，于1862年初经湖北入川。自此，为北渡长江，夺取成都，建立四川根据地，石达开转战川黔滇三省，先后四进四川。1861年8月清军陷浔州，陈开被俘杀，大成国灭，余部投石达开。1861年2月，吴凌云在太平府正式建立延陵国，自称延陵王，铸印文曰“延陵玉玺”，颁布诏令，封官设职，修建宫室，蓄发变服。以梁国桢为军师，罗品光为元帅，黄万年为辟疆侯，梁谦之以下数十人亦拜官封爵。吴凌云以长子吴亚忠守太平，次子吴朱元守养利；以梁国桢、董万年等数十人分守要隘。延陵国迎来全盛时期。贵州年过八旬的刘义顺于1859年4月拥立朱明月（张保山）为大明秦王，沿用杨龙喜的江汉年号，顺时为江汉六年，而刘义顺、秦魁榜二人便居左、右丞相。1859年9月21日，朱明月等带领白号军直逼偏刀水，一气攻克了清军大本营。提督蒋玉龙弃营逃跑，被清廷革职查办。于是，清军提督大本营变成了白号军根据地，由白号军元帅田兴朝、军师何发喜、将领何兴儒、王礼廷等领军两万驻守。不久，朱明月再度攻下余庆松烟等地，遂在其辖区内的觉林寺建立了白号军第又一个大本营。1860年8月12日，朱明月进军桐梓，贵州提督田兴恕便趁机带领“长胜军”奔袭余庆境内乌江南岸的白号军。经过十余天的激战，白号军寡不敌众，十多个营寨被清军所破。于是，田兴恕便有些得意忘形，一面令“长胜军”驻扎龙溪，一面令人飞驰向朝廷报功。朱明月得到消息后，一边暗中派人与石阡白号军联系，一边抄小道返余庆。8月24日，朱明月及其所属万余人与石阡白号军同时抵达龙溪，突然向田恕的“长胜军”两面夹攻。措手不及的“长胜军”被打得昏头转向，死伤过半，田兴恕也因之而被撤去提督一职。
期间，洪仁轩和陈玉成数次给魏宣武去信，邀其出兵攻击清军，救援安庆，李秀成写信邀魏宣武同下苏、浙，魏宣武只是屯兵毫州，并无一兵一卒出境。陈李太平军、刘义顺、石达开、李永和、蓝大顺、陈开、吴凌云等各路义军也先后派人与魏宣武联络购买军火粮食，魏宣武将历年所购洋枪炮、劈山炮、鸟枪、抬枪、刀、矛、弓弩、箭矢、弹子及粮食、盐巴尽数出售，得银数百万两。1861年及1862年7月，魏宣武均在陕西、河南发展经济，训练部队，积草屯粮，坐看风云。