此时，颍州知府英翰任用李家圩大地主李亚南为阜阳三里湾卡官（税务官），他拦路、沿河设卡，对来往客商、船户肆意加征苛捐杂税，甚至没收其财物，捞了不少黑心钱。遂在阜阳、颍上购房置地。船民、商人及当地市民对他恨之入骨，曾多次向官府控告，因有英翰庇护，不仅未告倒，李亚南反而变本加厉地横征暴敛。为铲除这个恶棍，天道教徒与船民们商定，密接太平军入三里湾，里应外合，拿下阜阳，然后策动颍州贫民起义，配合太平军夺取颍州府，把李家连根拔起。
1864年12月初，关保与颍州府天道教教士涂林等人精心策划，派探子卒卒长党文敬带两队人假扮商人，雇佣大商船，故意扯满篷帆，驶过三里湾也未停靠，李亚南以为是大商船想逃税，遂派兵乘船追赶拦截，等到兵丁靠近大船登船，党文敬等人取出暗藏武器即行发难，将登船兵丁一起拿下，船下清兵哨船想逃，早被尾随而至的民船围裹不得出，党文敬带人夺了哨船，将清军号衣扒下换了，开着清军哨船，假意押着大商船回三里湾税卡。李亚南见哨船押回了逃税的大商船，别提多高兴了，这么大的商船，油水肯定少不了。等他屁颠屁颠的带着司书等几个人来到三里湾码头，党文敬早跳上岸，一脚把李亚南踹翻在地。李亚南翻起身待要挣扎反抗，几把短刀顶住了他的要害。“你，你们是谁，我可是大，大清税官，你们想造、造反，不怕英大人砍了你们！”话音刚落，“啪”党文敬一个大嘴巴给他抽上了“我们是太平军，专杀你这样的狗官”。李亚南一听，瘫倒在地。太平军控制了三里湾，这时在颍州府天道教教士涂林和埠阳县传教刘义城的策动下，颍州府埠阳地区的天道教徒及贫困船民、佃农等共七千多人从四面八方聚集三里湾，从大商船上领取军械，由党文敬、刘义城率领，一路攻入埠阳城。此时，关保令旅帅娄敬亭带领第一旅从毫州攻入太和，包围太和县城，旅帅方虎带领第三旅从毫州攻出发，包围雉河集，副师帅赵鸿带着骑兵卒绕过太和县城直扑埠阳。第二旅旅帅鲁能达大部驻六安州镇压清军残余和地主团练，第二旅教士斯文着手建立六安州各级行政机构和地方部队，配合六安州天道教惩治劣绅，先收土归库后丈量分配土地，赈济贫民，另以第二旅副旅帅展百立率第一卒配炮兵营进攻霍邱。
时署寿春镇总兵黄鸣铎正统兵在外归于多隆阿麾下欲攻陕西，寿春镇兵少无法支援颍州府。颍州知府英翰，埠阳知县尹起鸾以两营兵，埠阳县首富宁半城带领埠阳八大家“王、周、宁、程、邢、倪、吕、潘”组织的一万多团练兵仓促迎战，双方在埠阳城里展开鏖战，一天后，义军渐渐不支，埠阳县传教刘义城腹部中弹受重伤，其妻马大姑替其领众厮杀，党文敬亦挂彩，义军死伤二千多人，这时埠阳县田家集天道教布教郑伦聚集周边天道教徒和百姓三千多人赶来助战，其他或布教或行教或带数十或带数百也源源不断赶来助战，一时间埠阳城内天道教义军达二万多人，与清军相持，死死守住了埠阳城北门，双方又打了一天，半夜，突然西门枪炮声大作，原来傍晚时分副师帅赵鸿带着骑兵卒赶到，见北门枪炮声密集，其余各门无甚动静，就令部队绕到西门外十里处林中隐蔽休整，待夜半时用探子队悄悄攀上城墙，杀死不多的守兵，打开城门，放大队骑兵杀入，在活捉清兵的引导下，很快就控制了知府衙门、知县衙门、军械库、团防局等各处要害。颍州知府英翰化妆成小兵逃出城去，知县尹起鸾年、同知汪好古、团练帮办宁半城被活捉，通判以下守备、千总、把总、巡检等战死者二十多人，八大家“王、周、程”家主战死，“邢、倪、吕”家主被活捉，潘家家主趁乱逃脱，义军伤亡布教、行教以下五千多人，清兵及练勇伤亡过半，被俘三千多人，颍州府城埠阳城被义军拿下，赵鸿分兵四出攻灭埠阳各地团练乡勇，送刘义城到毫州养伤，以郑伦暂代天道教颍州传教，迅速建立埠阳各级政权机构和地方部队，颍州府八大家抄出黄金十万两，白银一千万两，其余珍玩古董无数，粮食器械堆积如山，院落房屋万多间，所有东西都归了圣库，粮食一部分充军粮，一部分赈济了贫民，土地入圣库后重新仗量分配，地主罪大恶极如李亚南者被公审处决，其余地主也分得土地，但要统一学习天道教进行改造，官府还以轻税政策鼓励地主出资经商。百姓一片欢腾，踊跃参加太平军，其中五百多船民自愿带船加入太平军，地主们有了比土地赚钱生财的门道，见天道教也不像拜上帝教那样反国学儒道，慢慢地也不再反对转而支持天国政权了。
至1865年1月初，方虎率第三旅连续攻下雉河集、蒙城，以旅部直属部队和二卒主力兵临凤台城下。娄敬亭带领第一旅攻下太和，派第二卒与第三旅合攻凤台，派副旅帅黄得标带第一卒配炮兵营与第二旅合攻颍上。副旅帅展百立带第二旅第一卒及旅属炮兵营攻克霍邱，以第一卒卒长周甲带第一营配旅属炮兵营与第一旅合攻颍上。时张宗禹带兵又回雉河集，僧格林沁追至蒙城。方虎军已攻克凤台，亲率一卒军来救蒙城。展百立也攻下颍上，以周甲守颍上，自带一卒军及两个炮营到蒙城合击僧格林沁军，张宗禹也从雉河集出一万骑兵从蒙城来攻，三面夹击，僧格林沁军大败，从凤台、寿州之间逃回凤阳府。面对魏宣武的招揽，张宗禹不愿被整编，就与太平军分手，入山东去了，僧格林沁见状追张宗禹也入山东。苗沛霖部将邱维城纠集原降清苗军杀寿州知州，举寿州城降太平军。已降清军的苗沛霖部将张建猷、潘垲也率残部降了太平军，至此，颍州府全境及凤阳府凤台、寿州归天国所有。
魏宣武设安徽省，以柳述莆为安徽省刺史，总教司徒登，统制郑伦，以留洋炮科归国又在陆军学堂毕业的高材生刑兵任参军长，法国人圣西尔军校毕业退役上校皮埃尔任教习，暂辖六安州、颍州府和凤阳府的凤台、寿州两县，送邱维城、张建猷、潘垲入教导营，十万余苗军残部择其精锐者五万补入野战、地方部队，其余解甲归田，分地务农。
早在1861年2月，为与湘军争夺水路，魏宣武就派人于河南陈州府商水县周口镇造炮台、建船厂，1863年5月建成，一面建造木制战舰及运输船，一面着手建造三艘浅水小型铁甲重炮舰。