1899年，太平天国在军、政方面进行了彻底地改革，提高了行政效率、百姓富足安居乐业、增强了国力。
太平天国实行主力部队义务兵役制，每年根据普通士兵需要数量面向全国征召十八周岁以上二十五周岁以下适龄青年入伍，服役期五年，每升半级延长二年服役期，副旅级（含副旅级）以上干部为国家公务员，旅级干部退休年龄、工资待遇同市级干部，师级干部退休年龄、工资待遇同省级干部，司令、副司令退休年龄、工资待遇同副国级，副旅级以下实行役期津贴制，每月津贴为普通士兵五天道元、组长为六天道元、副班长为七天道元、班长为八天道元、班长以上每升一级增加一天道元，衣帽食宿洗理等由部队承担。
主力和地方部队有行动能力的伤残军人由国家安排力所能及的工作，父、母、妻子每月每人可领取抚恤金二十五元直到死亡，小孩每月每人可领取抚养金十五元直到十八岁，小孩学费全免；无行动能力的伤残军人送慈善堂供养，父、母、妻子每月每人可领取抚恤金三十元直到死亡，小孩每月每人抚养金十五元直到十八岁，小孩学费全免；战死者父、母、妻子每月每人可领取抚恤金四十元直到死亡，小孩每月每人抚养金十五元直到十八岁，小孩学费全免。退役军人由各省民政部门统一安排相应工作。
军务制置院有调兵权、练兵权，国防部负责修建国防工事、士兵征召、军事外交，天道教师级（含师级）以上组织机构或人员有考察、推荐、建议任免下级军队公务员的权力，天道教役期军官任免由上一级教务机构研究决定。军务制置院有总理、协理、理事，各军事部长、主任、两院院长、各军司令及骑、炮总监均任理事，下设综合办公室、总参谋部、总教务部、总后勤部、三军调动协调办公室、驻屯军指导办公室、高级军事法院、高级军事检察院、军事统计调查办公室、军事研究办公室、警卫旅、宪兵团、通讯联络团、勤务营、执法连、骡马排、机修排、医务排、炊事排。
太平天国实施组织法，各级军、政教组机构有下级军、政机构设置及下级军队、政官员考察、推荐、建议任免权，本级官员调动权；各政府人事机构有本级普通公务员录用、考核、调动、档案管理权。
太平天国土地国有制，全国土地均归圣库，除商品房建设用地及工、商、矿业用地使用权有偿取得外，其余土地按需分配，禁止耕地买卖，施行土地资源税制。全国城镇居民住房实行商品房与保障房相结合的制度，规定商品房价格上限为60元/平方米，别墅可自由定价，保障房均为六层电梯、步梯两用楼房且一律不得超过50平方米/套，保障房交长寿堂、慈善堂、育婴堂使用，商品房按等级按年按平方米收取土地税，商品房土地税分十级综合平均为0.4元/平方米/年。别墅土地税按3元/平方米/年征收。全国工、商、矿企业土地税分十级综合平均为6元/平方米/年，全国矿业及林木、酒类、中药材、天然矿泉水、渔业等自然资源企业另按销售额5%征收资源补偿税。农业用地土地使用税分十级综合平均为25元/亩/年。政府机关、医院、学校、军队用地免征土地税，军队屯垦土地均选用四级以下土地，不征收土地税。太平天国副县级以上军政、部门主官在职期间均住公务保障房，公务保障房分六级面积在一百平方米到三百五十平方米之间，
太平天国开设3%的销售税，综合平均税率为20%的海关税，贵重消费物品交易额10%的消费税，总值50%的遗产及赠与税、除军工企业、银行业、铁路营运企业、公路收费企业、盐业企业、石油企业、橡胶企业、金银矿、电力、邮政、电信国营外，太平天国实行以私为主的公私合营企业制度，成立证券交易所开展股票、债券交易，征收证券交易税1%。太平天国全国禁止烟草生产、禁止吸烟，禁止毒品交易，禁止吸毒，禁止赌博和民间博彩，禁止民间持有枪支和管制刀具。太平天国设立福彩机构，面向全国发行福利彩票，用于慈善事业。太平天国银行存款利率为2%以内，贷款利率为3.5%以内。
太平天国实行二十二级工资制，最低为第二十二级25元/月，每一级递增5元。另实行十级奖金制度，对有科技及慈善突出贡献、完成政工、生产及战斗目标任务、见义勇为者酌情给予奖励。
太平天国实行民族大融合，鼓励各民族通婚。太平天国实行国民家庭户籍和个人身份证制度，国民从出生起就有身份证直至死亡，身份证上登记民族均为华族。
政务院设院长一名、副院长两名、秘书长一名，增加下设综合办公室，其余各部未作变动。中央教务机构增加统战院专门做国外天道教统战工作，孙中山为统战院长，还将原来的全国教导营改变为劳动教育改造管理院，其余未作变动。
各省政府设省长一名、副省长三名，秘书长及副秘书长各一人，下设综合办公室、警察厅、民政厅、人事厅、财政厅、税务厅、水利厅、农业农林厅、畜牧厅、国土厅、工商厅、矿业厅、交通厅、审计厅、教育厅、环卫厅、统计厅、气象厅、仓禀管理办公室、国有资产管理办公室、屯垦管理办公室、征兵管理办公室、金融办公室、宗教融合管理办公室。各省设总教一人，省长兼副总教一人、专职副总教一人，下设教务部、宣教部、教记部、督教部、教组织部、妇女部、圣青会、总工会、残疾人联合会。省级警察厅一百人，警察厅辖交通警察总队一百人，消防总队五十人，其余政教干事一百五十人。
各市政府设市长一人，副市长三人，市级对应省级各厅称署。各市设教士一人，市长兼副教士一人、有专职副教士一人，下设教内部门与省同，市级警察署一百人，警察署辖交通警察支队二百人，消防支队一百人，其余各政教干事二百五十人。州称州长，其余设置称谓与市同。
县称县长，有副县长五人，县级对应市级各署称局，县级称传教，有县长所兼副传教一人、有专职副传教一人，下设教内部门与市同，县级警察局三百人，警察局辖交通警察大队三百人，消防大队二百人，其余各政教干事三百五十人。
乡设乡长一人，副乡长三人，乡级设综合办公室、民政所、农牧所、财政所、税务所、警察所、交通所、环卫所、国土所，林业所，妇女会，圣青会、残疾人联合会，乡级称布教，有乡长所兼副布教一人、有专职副布教一人，下设教内部门与县同，乡级警察所二十人，消防员二人，其余各政教干事三十人。
村称村长，有副村长一人，村级设治保员、会计员、税务员、仓禀员、屯垦员、农牧员、妇女主任、圣青主任、残联主任各一人，村级称行教，有村长兼副行教一人、专职副行教一人，下设教务干事一人，村级治安联防员二人。
太平天国除市、旅级正副领导退休年龄为六十五岁，省、师级正副领导退休年龄为七十岁，国级正副领导退休年龄为七十五岁，正副教主退休年龄为八十岁外，所有公民退休年龄均为六十岁。
太平天国在各县设长寿堂、慈善堂、育婴堂，专门收容供养丧失劳动能力的人和孤儿。
经过1899年军、政改革，太平天国政治清明、经济繁荣，国力日渐强大。